Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat (LP2M) UIN Alauddin yang ada sekarang, sejak kehadirannya mengalami metamorfosa seiring dengan perkembangan waktu dan situasi yang mengitarinya. Pada periode pertama antara tahun 1979 sampai 1985 dalam kepemimpinan Rektor Drs. H. Moerad Usman kala itu, Lembaga ini tampil dengan nama Lembaga Penelitian dan Pengembangan Masyarakat yang dinakhodai oleh seorang perempuan bernama Dra. Baego Ishak, M.Ed. Lembaga ini membawahi dua pusat yaitu Pusat Penelitian dan Pengembangan Masyarakat dikepalai Drs. Amir Paita,S H. Sementara Pusat Pengabdian pada Masyarakat dikepalai oleh Drs. H. Mannan Nur.
Seiring dengan perjalanan waktu dengan Pergantian rektor IAIN dari Drs. H. Moerad Usman kepada Dra. Hj. Andi Rasdianah (tahun 1985-1988) kepemimpinan di tubuh LP3M pun turut berubah dari LP3M menjadi Lembaga Penelitian dan Hubungan Masyarakat (LPHM) yang diketuai oleh Drs. Amir Paita SH sebagai LPP dan Drs. H. Mannan Nur di LPHM.
Dalam periode berikutnya antara tahun 1988 sampai 1995 di bawah kepemimpinan rektor Drs. H. M Saleh A Putuhena menjadi Balai Penelitian dan Pengabdian pada Masyarakat (LP3M) yang dikepalai oleh Drs. H. Amir Paita, SH, dengan membawahi dua balai yaitu Balai Penelitian dijabat oleh Drs. Abd. Qadir Gassing HT, M.S dan Balai Pengabdian pada Masyarakat oleh Drs. H. Aminuddin Raja. Antara tahun 1998 sampai 2003 dibawah kepemimpinan rektor IAIN Prof Dr. H. Abd. Muin Salim, Penelitian dan Pengabdian dipisahkan. Pada periode itu Kepala pusat penelitian dijabat oleh Prof. Dr. H. Natsir Mahmud, sedangkan Kepala Pusat pengabdian kepada Masyarakat dijabat oleh Drs. H. Ismail Adam. Pada tahun 2003-2008 dengan kepemimpinan Prof. Dr. H. Azhar Arsyad sebagai rektor dua periode, Kepala pusat penelitian dijabat masing-masing Prof. Dr. H. Radhi Al- Hafid, MA antara tahun 2003-2004. Dr. Sabri AR dari tahun 2004-2008. Dan Hamdan Juhannis MA, Ph.D pada tahun 2008.
Sedangkan Kepala Pusat Pengabdian pada Masyarakat berturut-turut dijabat oleh Drs. H. Gazali Suyuti, M.HI. Selanjutnya nama Pusat Pengabdian berubah namanya menjadi Lembaga Pusat Pengabdian yang dikepalai oleh Prof. Dr. H. Sattu Alang, MA dengan sekertaris oleh Drs. Natsir Siola, MA. Pada tahun 2012 sekretaris berganti ke Drs. H. Syamsul Bahri, M.Si.
Antara tahun 2008 sampai 2010 Lembaga Penelitian dipimpin Oleh Prof. Dr. Ali Parman. Seiring dengan pergantian rektor dari rektor lama Prof Dr. H. Azhar Arsyad, M.A kepada Prof Dr. H. Qadir Gassing periode tahun 2010 sampai 2014 Ketua Pusat Penelitian dijabat oleh Dr. H. Abd Rasyid Masri S.Ag. M.Pd. M.Si dengan sekertaris Dr. Andi Suarda.
Berdasarkan peraturan Menteri Agama RI No. 25 tahun 2013 tentang Organisasi dan Tata Kerja (ortaker) UIN Alauddin Makassar tertanggal 28 Maret 2013, maka kedua lembaga tersebut di atas berubah menjadi Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat (LP2M) yang dikepalai oleh Prof. Dr. H. Bahaking Rama, MS dengan sekertaris Muhamad Wayong, M.Ed.M.,Ph.D. Lembaga ini membawahi lima pusat masing-masing:
- Pusat Penelitian dan Penerbitan (PUSLITPEN) dikepalai oleh Dr. H. Abd. Rasyid Masri, M. Pd. M.Si.
- Pusat Pengabdian kepada Masyarakat (PPkM) dikepalai oleh Prof. Dr. H. M. Sattu Alang, MA.
- Pusat Studi Gender dan Anak (PSGA) yang dikepalai oleh Dra. Hj. Aisyah Kara, MA, Ph. D.
- Pusat Kajian Islam, Sains dan Teknologi (PUSKAISTEK) yang dikepalai oleh Prof. Hamdan Juhannis, MA, D.
- Pusat Peradaban Islam Sulawesi selatan (PPI) dikepalai oleh Prof. Dr. H. Ahmad Abu Bakar, M. Ag. yang kemudian digantikan oleh Drs. Abd. Rahman R, M. Ag.
Pada Tahun 2016 hingga 2019 Lembaga Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat ( LP2M ) dikepalai oleh Prof. Dr. Muhammad Saleh Tajuddin, MA dengan Sekretaris Andi Muhammad Ali Amiruddin, S. Ag., MA.
- Pusat Penelitian dan Penerbitan (PUSLITPEN) dikepalai oleh Dr. Muh. Sain Hanafy, M. Pd.
- Pusat Pengabdian kepada Masyarakat (PPM) dikepalai oleh Drs. H. M. Gazali Suyuti, M.
- Pusat Studi Gender dan Anak (PSGA) yang dikepalai oleh Dra. Hj. Hartini Tahir, M. HI.
- Pusat Kajian Islam, Sains dan Teknologi (PUKISTEK) yang dikepalai oleh Drs. Wahyuddin Halim, A.,P. hD.
- Pusat Peradaban Islam Sulawesi selatan (PUSDABIS) dikepalai oleh Dr. Hamiruddin, M. Ag.
Pada Tahun 2019 hingga 2023 Lembaga Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat ( LP2M ) dikepalai oleh Prof. Dr. Muhammad Ramli, M.Si dengan Sekretaris Dr. Hasbi Ibrahim, S.KM., M.Kes.
- Pusat Penelitian dan Penerbitan (PUSLITPEN) dikepalai oleh Prof. Dr. Mahmuddin, MAg
- Pusat Pengabdian kepada Masyarakat (PPM) dikepalai oleh Dr. Muhammad Shuhufi, M.Ag
- Pusat Studi Gender dan Anak (PSGA) yang dikepalai oleh Dr. Rosmini Amin, M.Th.I
- Pusat Kajian Islam, Sains dan Teknologi (PUKISTEK) yang dikepalai oleh Dr. Yusuf, Tahir. M.Pd.I.
- Pusat Peradaban Islam Sulawesi selatan (PUSDABIS) dikepalai oleh Dr. H. Supardin, M.H.I.
Pada Tahun 2023 hingga 2027, pada periode ke-2 Rektor UIN Alauddin Makassar, Prof. Hamdan Juhannis, MA., Ph.D, Lembaga Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat ( LP2M ) dikepalai oleh Dr. Rosmini Amin, M.Th.I dengan Sekretaris Prof. Dr. H. A. Marjuni, M.Pd.I.
Lembaga ini membawahi lima pusat masing-masing:
- Pusat Penelitian dan Penerbitan (PUSLITPEN) dikepalai oleh Dr. Hasbi Ibrahim, S.KM, M.Kes.
- Pusat Pengabdian kepada Masyarakat (PPM) dikepalai oleh Dr. H. Muh. Saleh Ridwan, M.Ag.
- Pusat Studi Gender dan Anak (PSGA) yang dikepalai oleh Prof. Dr. Djuwairiah Ahmad, M.Pd.,M.TESOL
- Pusat Kajian Islam, Sains dan Teknologi (PUKISTEK) yang dikepalai oleh Prof. Dr. Drs. H. Supardin, M.H.I
- Pusat Peradaban Islam Sulawesi selatan (PUSDABIS) dikepalai oleh Dr. Nur Syamsiah, M.Pd.I
Dr. Rosmini Amin, M.Th.I
Ketua Lembaga Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat
Prof. Dr. H. A. Marjuni, M.Pd.I.
Sekretaris Lembaga Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat
Dr. Hasbi Ibrahim, S.KM, M.Kes.
Pusat Penelitian dan Penerbitan
Prof. Dr. Drs. H. Supardin, M.H.I
Pusat Kajian Islam, Sains dan Teknologi
Dr. H. Muh. Saleh Ridwan, M.Ag.
Pusat Pengabdian kepada Masyarakat
Dr. Nur Syamsiah, M.Pd.I
Pusat Peradaban Islam Sulawesi Selatan
Prof. Dr. Djuwairiah Ahmad, M.Pd.,M.TESOL
Pusat Studi Gender dan Anak